和用于生产的菌丝体。
根据菌种的来源、繁殖的代数及生产的目的，通常将菌种分为原种、母种和栽培种三级。
原种系指由孢子、子实体组织、菇木或基质菌丝分离纯化，并在试管培养基上繁殖的菌丝体、芽孢及其培养基质。
母种系指由原种移植于固体或液体培养基上繁殖的菌丝体。
栽培种系指由母种移植到固体或液体培养基上扩大繁殖的菌丝体。
一、 菌种制作的基本设备
1、 食用菌菌种制作的工艺流程
培养料的贮备和预处理------- 容器、工具的洗涤------ 配料、培养基制作------ 灭菌------ 冷却------ 接种------ 培养------- 贮存
2、 基本设施
① 厂房：② 原料库③原料预处理场地④ 洗涤室：5配料室⑥ 灭菌室⑦ 接种室⑧ 化验室
⑨ 培养室⑩贮存室
二、 纯种分离
菌种的分离方法主要有：孢子分离法、组织分离法、基内菌丝分离法和土中菌丝分离法。
1、 孢子分离法：属有性繁殖。对于香菇、平菇异宗结合的菇类，为避免产生单孢不孕现象，必须采用多孢分离法。单孢分离法主要用于杂交育种的研究。
⑴ 种菇的选择和处理
种菇选择的标准：必须纯正，具有本菌株性状，发育健壮，无病虫害，成熟度适当。种菇选定后，首先除去附着在菇体表面的杂物，如蘑菇、草菇可用0.1%升汞浸泡消毒2-3分钟，然后用无菌水漂洗3次，以洗除表面附着的药物，最后用无菌纱布吸干水分。香菇、平菇可用75%酒精进行表面消毒。
(2)多孢分离法
① 整菇播种法② 钩悬法③ 贴附法 4菌褶上抹取孢子法⑤ 孢子印分离法 ⑥ 空中孢子捕捉法
(3)单孢子分离法
一般采用方法：平板稀释法、连续稀释法、毛细管法等。
2、 组织分离法
(1) 子实体分离法(2)菌核分离法(3)菌索分离法：对一些不易找到子实体及菌核的菌类
3、基内菌丝分离法
对于子实体只有在特定的季节下出现，平时不易采到，或子实体小而薄或呈胶质状态(1)菇木(或耳木)分离法
在食用菌繁殖旺盛期
(2) 代料基质分离法
分离前，选择一批子实体发生早、产量高、菇体尚幼嫩且生活力强而无病虫害的栽培袋，待子实体将近成熟时，去掉子实体，然后用75%酒精将培养袋进行消毒后，在培养料下1.5cm处挑取0.3cm的培养料小方块组织，接入试管培养基的中央，置于恒温下培养。
3、 土中菌丝分离法： 用于采集生长在土中的菇类菌丝体
三、制种技术
采用孢子分离、组织分离和基内菌丝分离等方法分离培养而获得的纯菌丝，经过原种的扩大培养和母种、栽培种的制作，即可作为食用菌生产用的菌种。
1、 菌种的类型
母种、原种、生产种
2、 培养基的种类
天然培养基、合成培养基、半合成培养基
3、 原种制作
从担孢子或菇体组织直接分离培养获得的原种或引进的原种
4、 母种及生产种制作
将原种菌丝体移植到由粪、草、木屑、棉籽壳或麦粒等原料配制成的培养基上，而制成的菌种称母种。将母种再扩大繁殖制成的菌种，称栽培种或生产种。
5、 培养基灭菌
(1)高压蒸汽灭菌法
琼脂培养基采用1.05kg/cm2 压力，温度121℃ ，灭菌20-30 分钟;母种和栽培种固体培养基采用1.2-1.5kg/cm2 压力，温度123-129℃ ，灭菌1-1.5 小时。
(2) 常压蒸汽灭菌
6、 接种室消毒灭菌
(1)熏蒸消毒法：甲醛与高锰酸钾混合熏蒸法 (2)紫外线消毒：(3)石碳酸灭菌
7、 接种
在无菌条件下，将原种或母种菌种移接到经过严格灭菌的培养基上，称为接种。
8、 菌种培养
(1)原种培养
接种后的试管原种，置于25℃左右的恒温箱中培养，经过2-3天即可检查生长情况，纯洁菌种经过7-15天的培养，原种菌丝即可长满斜面培养基。
(2)母种及栽培种培养
栽培种接种后置于25℃左右的培养室内培养。当菌种瓶中菌丝体伸入培养基的1/3时，培养室内的温度可降低2-3℃，以避免菌丝生长代谢加强，料温上升而引起高温障碍。培养室内保持60-70%的空气相对湿度。一般经过20-40天的培养，菌丝即可扩散生长到整个培养基，再经过7-10天即可培养出优质的菌种。
四、菌种保藏方法及复壮技术
1、 菌种保藏方法
菌种保藏的基本手段是采用低温、冷冻、干燥、减少供氧量等方法，终止其繁殖，降低其代谢强度，使之处于休眠状态。
(1) 斜面低温保藏法：保藏时间不长。(2) 液体石蜡保藏法：保藏期限可达3-5年。
(3)滤纸保藏法：保藏期限可达2-5年。(4)真空冷冻干燥保藏法：保存时间可达数年(5)液态氮超低温保藏法：近年国际流行的新技术。
2、 菌种复壮技术
提纯复壮。主要有组织分离法及菌丝体复壮的方法。
1、什么是食用菌?
食用菌一般是指真菌中能形成大型子实体或菌核并能供食用的种类。广义的食用菌也包括那些有药用价值或其它经济价值的种类，有时被统称为“大型经济真菌”。
2、为什么说食用菌有较高的食用价值?
菇类的蛋白质含量一般为鲜菇1.5-6%、干菇15-35%，高于一般蔬菜，而且它的氨基酸组成比较全面，大多菇类含有人体必需的八种氨基酸，其中蘑菇、草菇、金针菇中赖氨酸含量丰富，而谷物中缺乏，赖氨酸有利于儿童体质和智力发育。菇类含有多种维生素和多种具有生理活性的矿质元素。如VB1、VB12、Vc、Vk、VD及磷、钠、钾、钙、铁和许多微量元素，可以补充其它食品中的不足。
3、为什么说食用菌具有较高的药用保健价值? 食用菌中含有生物活性物质如：高分于多糖、β-葡萄糖和RNA复合体、天然有机锗、核酸降解物、cAMP和三萜类化合物等对维护人体健康有重要的利用价值。
4、食用菌的药用保健价值有哪些?
①抗癌作用：食用菌的多糖体，能刺激抗体的形成，提高并调整机体内部的防御能力。能降低某些物质诱发肿瘤的发生率，并对多种化疗药物有增效作用。此外栗蘑中富含的有机硒，可作补硒食品，若长期食用，几乎可以防止一切癌变。②抗菌、抗病毒作用。③降血压、降血脂、抗血栓、抗心律失常、强心等。④健胃、助消化作用。⑤止咳平喘、祛痰作用。⑥利胆、保肝、解毒。⑦降血糖。⑧通便利尿。⑨免疫调节。 5、常见食用菌：耳类：黑木耳、毛木耳、银耳、金耳等;非褶菌类：牛舌菌、猴头、灵芝、茯苓;散菌类：平菇、香菇、草菇、金针菇、双孢菇、大肥菇、鸡腿菇、滑菇(滑子蘑)、凤尾菇、小平菇牛肝菌等;
6、什么是菌丝体?
菌丝体是食用菌的营养器官。相当于绿色植物的根、茎、叶。它生长在基质中，分解基质，吸收营养，能从基质中吸收水分、无机盐和有机养分，以满足其生长发育的需要。 食用菌生产所使用的“菌种”，就是菇类的菌丝体。其主要功能是从死亡的有机质中分解、吸收、转运养分，以满足菌丝增殖和子实体生长发育的需要，在食用菌生产中，菌丝体充分生长是获得丰收的物质基础。
7、什么是子实体? 子实体是食用菌的繁殖器官。食用菌的子实体实际就是生长在基质表面，可供人们食用的部分。
8、子实体是如何形成的? 双核菌丝达到生理成熟后，开始扭结形成子实体，这种组织化的菌丝被称为结实
